由于编纂的时间太仓促，缺乏顺帝时代的资料，全书没有完成，于是派欧阳佑等人到全国各地调集顺帝一朝资料，于洪武三年二月六日重开史局。
仍命宋濂、王祎为总裁，率领赵埙，朱右、贝琼等15人继续纂修，经过143天，七月初一书成，增编顺帝纪10卷，增补元统以后的《五行》、《河渠》、《祭祀》、《百官》、《食货志》各1卷，三公和宰相表的下卷，《列传》36卷，共计53卷。
然后合前后二书，按本纪、志、表、列传厘分后，共成210卷。两次纂修，历时仅331天。
在这本史书中，大明朝廷承认大元是中华史册上的一个正统时代，并且在书中对蒙元各位皇帝以及名臣勇将作了一个相对公正的评价。
并且将蒙元在中原大地上实施的国策，也一一展现出来，供后人阅览。
朱元璋毫无疑问是最恨蒙元的一个汉人！
他之所以会如此违背心意也要撰写《元史》，并且决议将蒙元列进中华序列，完全是因为蒙元留下来的庞大财产。
要知道蒙元疆域之广远超前朝。
东起日本海，西抵天山，北跨贝尔加湖，南至南海疆域，地域何止万里之遥，若是算上高离、缅甸、安南、占城以及四大汗国等藩属国，蒙元地域之广大，骇人听闻！
朱元璋是农夫出身，他深深地知道，自己可以讨厌蒙元，但是，蒙元留下来的土地可是香喷喷的，如果大明将蒙元正式列入中华王朝序列……
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