就在这座巴士底狱中，笛卡尔先生完成了他的人生中的第一次长期思考，并且通过这一次长期思考再一次奠定了他数年前就推演出来的哲学命题——我思故我在！
同时，他认为，人类在思考问题的时候一定要有一个固定的参照物，否则就是偏颇的，不全面的，他常说：在我们做梦时，我们以为自己身在一个真实的世界中，然而其实这只是一种幻觉而已。
这一思潮与庄周梦蝶有异曲同工之妙。
他喜欢用对照的方式来思考问题，这就在哲学体系上构成了一个新的见解——二元论。
他认为，既然有上帝那么，就一定会有魔鬼，有死亡就有新生，有好的就有必定有坏的……这种说法其实很极端，没有用辩证的方式来看世界。
同样的，也没有学会用儒家的中庸思想来解释一些灰色地带。
为此，他的性格中就出现了极大地对立性。
他声称是虔诚的罗马天主教徒，以及“沉思”的目的是为了维护基督教信仰。
但是在他自己的真正表现上，笛卡尔被指控宣扬秘密的自然神论和无神论信仰。
他的挚友布莱兹·帕斯卡说：“我不能原谅笛卡尔；他在其全部的哲学之中都想能撇开上帝。
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