对于形势比较复杂的贵州，朱由校几经斟酌，终于班师途中再下谕令。
其一，贵州宣慰司改为水西宣慰司，革去宣慰使一职，名义上保留宣慰司建制，却已彻底改为流官治理。
其二，夺取素与安氏互通有无的几家大土司大半土地，设县十二处，各隶州、府。
尽量让贵州境内的大土司，也一个个的消失。
其三，此次叛乱，东川土司禄千钟等十余家并没有帮助叛军，却也对朝廷征召推三阻四，阳奉阴违。
针对于此，朝廷将剥夺东川、宽甸等土司十二马头土地，设开州，隶贵州府。
并且对这十余家土司，进一步严格限制营寨数量与土兵人数。
其四，征召大批当地民勇，沿河筑城三十六所，置三新卫，招募新军，委派此回平叛有功将领镇守。
若有心之人从地图上看去，这三十六卫、所，围成了一张大网，几乎将整个贵州包围在内。
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