南北两直隶的各卫各所，原本都是京卫亲军的编制，归五军都督府统辖，地位不同，兵部都不能直接插手。
也就是在名义上，南北两地勋贵之首，英国公张氏领北直隶军权，魏国公徐氏领南直隶军权。
这次南直隶被朱由校彻底取消，南直隶原本的各卫各所没了京卫亲军编制，自然要归属两地新建的都指挥使司。
各地总领卫所的都指挥使司，明初是由五军都督府总领，土木堡以后，逐渐都听命于兵部。
这也就是说，朱由校差点把南直隶的兵权交给了兵部。
土木堡之变，致使全国的勋贵和武将力量几乎断代，自那以后，由勋贵和武将主理的五军都督府职权逐渐被兵部所取代。
文贵武贱的情况始于明初，到了英宗宣德年间愈发势盛，这里也有全权渐归兵部文官有关。
甚至于有些皇帝，都因为想要收回兵权而突然暴毙。
眼下大明就是这个情况，朱由校已经收回兵权的北直隶不算，全国上下，就只有原南直隶的京军亲卫大部分还听命于五军都督府。
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