倭寇兵本就节节几退，兼之全军统帅井边龟丸及一众高级军官化妆成贫民逃跑，无人指挥，只能各自为战，根本没法组织起有效的反击。
反之，中华帝国的士兵们越战越勇，人人都想立功，一个个争先恐后的冲杀在前面，向内城纵深推进的速度比先前快了好几倍，帝国的飞龙战旗已在将军都府上空飘扬。
通往东北两座城门的大道上挤满了拼命往外奔逃的达官显贵和贫民百姓，他们害怕被占领军屠杀，有许多人只是盲目跟从，想要逃到乡下躲避战火。
却不知长崎岛虽大，还设有两座府城，但再大也只是一座大岛，四面环海，帝国海军取得了绝对的制海权，再怎么逃，最终还是得面对强大的中华帝国军。
长崎岛屿建有长崎、横滨两座府城，长崎城为主，横滨城为副，独孤残雪派有一军进逼至横滨城下，令横演守军不敢分兵增援长崎。
广岛和东京方面先后派出援军，不过，他们的主力舰队尽失，为运输船工队护航的是由各种鱼船临时改装成的战船，根本经不起一炮的轰击，杂牌护航舰队分别在东、北海域遭到帝国海军主力舰队的拦截攻击，很快就被歼灭，幸好运输船队逃得快，否则损失更惨重。
时近傍晚，城内的枪声才停歇下来，帝国步兵占据了整座长崎城，局面完全得到了控制，大量的倭寇兵放下武器投降，被关押在军营里。
长崎将军都府成了叶大天子的临时行宫和独孤残雪的指挥部，将官们各司其职，忙碌不堪。
帝国士兵仍在挨家挨户的搜捕一些死硬的倭寇分子，城内的百姓惶恐不安，需要安抚，治安需要维持，各交通要道随处可见一队队荷枪实弹的帝国士兵。
攻占长崎城后，要说最忙和最开心的当数宫藏家族的人，忠于宫藏家族的死士密谍潜伏在长崎城内，大部份被井边龟丸捕杀，但还是有一小部份人因潜藏极深，幸运的存活下来。
这些人重新回到了宫藏里惠的身份，把多年潜伏所收集的情报名单奉上，帝国士兵照着名单抓人，这些榜上有名的人全是长崎岛上有身份有地位的大族豪强，除了一些混在贫民百姓的队伍中逃跑，留在城内的全部被抓捕。
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