两个部门有些类似，但又有很多不一样的地方。
mJ-12立足于1947年的“罗斯威事件”而建立，这是当时全世界范围最着名的UFo坠落事件。
当时的总统认为率先与外星人接触可以获得更强的科学技术，进而称霸全世界，所以决定建立mJ-12，并批准于拉斯维加斯北部建立了51区。
所以mj-12的主要任务是与外星人接触、合作，是一根“长矛”。
而绿色三角洲成立的最初目的是调查神秘知识，以及对抗党卫军的“索引会”，拒绝一切外来事物的威胁，是一块“盾牌”。
两个组织建立的出发点不同，理念更是大相径庭，导致双方冲突不断。
最终，绿色三角洲在冲突中败下阵来，从ZF正式部门中被除名。
这也导致时至今日，绿色三角洲的最大敌人依旧是mj-12。
而mj-12在没有了绿色三角洲这个竞争对手后，势力日益庞大，且与外星人“灰人部队”展开合作，目前正处于炙手可热中。
相比之下，绿色三角洲目前只有26x3，一共78名“在编”成员。
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