到了八点三十分的时候，这个时候的小鬼子航空母舰上面就变得更加的混乱了。因为空袭中途岛的第一攻击波机群返航飞抵小鬼子舰队的上空。还有那些保护航空母舰的战斗机也需要降落加油。这个时候南云忠一马上的就处于进退维谷的境地。
这个时候航空母舰战队司令山口多闻海军少将向南云建议“立即命令攻击部队起飞”。可是这个时候第二批突击飞机换装鱼雷还没有完成，如果马上发动进攻，也没有战斗机护航。而且军舰上的跑道被起飞的飞机占用，那么油箱空空的第一攻击波机群会掉进海里。南云决定把攻击时间推迟，首先收回空袭中途岛和拦截美军轰炸机的飞机，然后重新组织部队以进攻美军特混舰队。
八点三十七分的时候，返航的飞机开始相继降落在四艘航空母舰飞行甲板上。九点十八分，全部飞机的作业完毕。这个时候小鬼子的混乱终于告一段落了，于是南云忠一马上的就命令舰队以三十节的航速向北航行，以避开再来攻击的美军战斗机，同时准备全力进攻美军特混舰队。
九点二十分的时候，掩护日本舰队的战斗机开始再次的起飞。九点二十五分的时候，一队由大黄蜂号起飞的十五架“复仇者”式鱼雷轰炸机组成的编队发现了南云舰队。不幸的是，他们的燃油即将耗尽，而且没有战斗机护航。在自杀式攻击中，被零式战斗机和高射炮火全部击落，三十名飞行员除一人生还外全部遇难。虽然他们牺牲了，可是他们的牺牲并没有白费，因为他们通知了自己的长官，小鬼子的舰队现在在哪里。
于是在九点三十分的时候，从企业号、约克城号起飞的二十八架美军战机陆续尾随而来，向苍龙号和飞龙号展开攻击。然而在攻击南云舰队的时候遭到重创，损失了二十架鱼雷轰炸机，美机所投鱼雷竟无一命中。
十点二十分的时候，由于美军的攻击，小鬼子的飞机甲板开始执行给护航的零式战斗机加油加弹作业，无法准备反击波。可是正当小鬼子战斗机在低空忙着驱赶美军鱼雷机时，南云忠一舰队的上空出现了三十三架由克拉伦斯.麦克拉斯基少校率领从企业号起飞的无畏式俯冲轰炸机。此时，小鬼子的军舰正在掉头转到迎风的方向，处于极易受攻击的境地，只停放着几架零式战斗
十点二十四分，第一架换班的防空日本战斗机飞离开飞行甲板时。企业号的三十三架“无畏”式俯冲轰炸机，分成两个个中队分别攻击新赤城号航空母舰和加贺号航空母舰。而此时这几艘航空母舰没有还做好放飞攻击编队的准备呢，同时，接踵而来的十七架从约克城号航空母舰上起飞的“无畏”式俯冲轰炸机则专门攻击苍龙号航空母舰。日军的三艘航空母舰刹那间变成了三团火球，堆放在机库里的的飞机以及燃料和弹药引起大爆炸，火光直冲云霄，短短的五分钟，日本三艘航空母舰被彻底炸毁了。这就是历史上对于中途岛海战上面所说的决定命运的五分钟，可以说，这也是在世界的海军史上永远会记载在丰碑上的五分钟。
十点四十分的，接替南云忠一开始指挥空中作战的小鬼子第而航空战队司令官山口多闻少将开始对美军发动反击，由十八架“九九”式俯冲轰炸机和6架零式战斗机组成的攻击编队从飞龙号航空母舰起飞。这些飞机在飞向他们的目标途中，发现了一批正在返航的美军轰炸机，于是便悄悄的尾随在他们的身后。而且就因为如此，小鬼子的飞机成功的找到了约克城号，并立即发动攻击。三颗炸弹命中约克城号，虽然遭到破坏，但是在美军船员的极力抢修下，恢复了航行功能。
由于自己的期间被毁，在十一点三十分的时候，南云忠一及其幕僚转移到了长良号巡洋舰，开始集合残余的舰队。准备对美军发动反击。
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