五月三十一日，日军第十一军司令部下令作战部队陆续后撤。这一情况被六战区长官部及时掌握，郭忏又立即部署了追击作战的任务分配，并于六月一日拂晓起发动全线追击。日军疲惫不堪，且根据以往经验认为中**队战力不济追击迟缓，不会给自己造成重大损失。未料**此次行动迅速，给日军一个措手不及，结果负责断后的第十三师团一零四联队第二大队被包围于磨市，第十三师团六十五联队和第三十九师团二三三联队被包围于宜都。第十一军司令部急忙命令第十三师团主力以及独立第事情旅团回援，中日两**队再次发生激战，一直持续到六月九日日军再次组织撤退。鄂西会战结束后，参战官兵皆获勋赏，其中郭忏被晋授二等宝鼎勋章，并正式恢复中将官位、实任战区参谋长之职。
一九四三年九月，第六战区当面之日军再次频繁活动，郭忏同孙连仲皆判断日军有可能会发动进攻，于是根据**在鄂西会战的取胜经验，制订了“一线兵团利用有利地形以逐次抵抗消耗敌人，最后吸引日军于澧水、沅江之间，待增援部队到达后，依常德守军之抑留与外线兵团协同，向心攻击，将日军压迫于洞庭湖畔而歼灭”的作战方针。郭忏寄希望于常德守军第五十七师能再显第十一师坚守石牌要塞的战绩，聚歼进攻的日军。
十一月二日，日军集中五个师团的兵力发起进攻，次日凌晨突破中**队的防线。此后**各部依照战区制订的作战计划逐次抵抗后撤。十一月二十三日，日军第一一六师团兵临常德城下，并发起进攻。守军第五十七师经过十二天的顽强奋战，全师八千余人在战至不到百人的情况下才突围而出，最大限度的尽到了固守常德，吸引、抑留日军的责任。十二月十一日，日军开始后撤，郭忏立即建议孙连仲发起追击。但当日军开始撤退时，华中派遣军又在两天后改变主意决定再取常德，于是命令第十一军停止撤退，依靠澧水沿线布防准备再次组织进攻。此时**也追击至澧水，由于日军防守严密，追击部队皆无较大进展，郭忏便建议停止进攻，双方呈对峙态势。十九日，日军第十一军再次接到了撤退的命令，于是在二十二日以第十三师团断后继续撤退。**再次实施追击作战，至二十五日将会战开始后丢失的城镇全数收复，恢复了战前态势。战后，郭忏因在会战期间出谋划策有功，于一九四四年八月三日获颁青天白日勋章，是为该勋章的第一百一十三位获得者。
一九四四年一月五日，陈诚正式辞去战区长官一职，以孙连仲接任司令长官，郭忏升任副司令长官，仍兼参谋长。从这时起，第六战区辖境内再未同日军有过大规模作战。一九四五年五月二十一日，郭忏当选国民党中央执行委员。六月二十六日，孙连仲调任第十一战区司令长官，遗缺由孙蔚如接任，郭忏虽然仍任原职，但孙氏之升任战区长官实为中央解除其兵权所给之虚职，第六战区的军务已由郭忏正式接掌。日本宣布无条件投降后，郭忏命第十集团军为先头部队进驻武汉。
九月十八日，华中地区的受降仪式在汉口市中山公园中山纪念堂隆重举行。战区长官孙蔚如端坐堂内正中，战区副长官郭忏、湖北省主席王东原、省党部主委邵华、汉口市长徐会之等党政军代表八十八人分坐两旁。随后日军华中派遣军司令官冈部直三郎等高级军官在**士兵的押送下乘汽车至会场门前，下车摘下佩刀，并脱帽低头进入受降堂，将降书递交于孙蔚如，在签字后低头退出，受降仪式至此结束。九月十九日，郭忏奉命兼任武汉警备总司令（副总司令彭善，参谋长吴光朝），其警备区域为蒲圻、咸宁贺胜桥，沿梁子湖南岸、东岸和炭门湖南岸，再经鄂城、黄冈、团风镇、下店、黄陂、孝感、汉川、新滩口、嘉鱼、蒲圻的广大区域，警备部队则由第十八军（军长胡琏）来担负。郭忏到职后即着手将伪军集中缴械，下级官佐发给旅费遣散，士兵择优补充部队，高级军官则给予优待，如伪第十四军军长邹平凡送军官总队学习，部分高官如伪武汉绥靖公署主任叶蓬、第十二军军长李宝琏则逮捕法办。同年十月十日，郭忏获颁胜利勋章。十二月二十日又获颁忠勤勋章。
一九四六年四月十日，郭忏调任武汉行营（主任程潜）副主任兼参谋长。期间曾与新四军**部协商过停战事宜。五月三十一日，国民政府根据美**事顾问的建议成立国防部，郭忏调任参谋本部（总长陈诚）参谋次长，主管人事。郭忏主要负责指导第三厅（厅长张秉钧，办公室主任宋达，总务组组长涂叙五，第一处处长许朗轩，第二处处长李树正）和第四厅（代厅长杨业孔，办公室主任韩定远，总务组组长张汇川，第一处处长陈达，第二处处长王金科，第三处处长梁筱斋），此外他还兼任总长办公室主任（秘书长颜逍鹏，第一科科长张一为，第二科科长张家闲，第三科科长钱汉佐），至十一月将兼职移交钱卓沦后专任参谋次长。同年七月十三日，郭忏获颁二等云麾勋章。十一月又当选国民大会的军队代表。一九四七年三月十四日获颁河图勋章。六月七日，郭忏调任联合勤务总司令部总司令。
联合勤务总司令部是国防部成立后的新设机构。在抗战时期，由于军政部负责的生产、储存和后方勤务司令部负责的分配、运输、补给多次之间多次产生矛盾，双方又利用职权互相攻击，经中美双方多次研究决定，为达成供应、补给业务自成一体的独立系统，以陆、海、空三军后方勤务统一办理为原则，将后方勤务司令部以及军政部所属的军需署、兵工署、军医署予以合并，改编成立联合勤务总司令部，隶属国防部，为陆、海、空三军联合后方勤务部门。该总部设总司令一、副总司令三、参谋长一。郭忏是联勤总部的第二任总司令，时任副总司令黄维、陈良、何世礼，参谋长赵桂森，副参谋长胡献昂。以周彭赏为办公厅（辖三科）主任，包钟敏为人事处长，鲍静安为外事处长，陈荫鸿为情报处长，潘茹刚为计划处长，陈简中为训练处长，高星垣为勤务处长，黄壮怀为补给处长，张科勋为物资处长（代），柳际明为工程署长，孙作人为财务署长，林可胜为军医署长，杨继曾为兵工署长，陈良为经理署长（兼），吴仲直为通信署长，郗恩绥为运输署长。此外，联勤总部还辖有六个补给区、五个兵站总监部以及十二个供应局，以保证各重点区的作战供应。
郭忏到任时，已经成立有半年的联勤机构的积弊逐渐暴露出来，如前后方脱节，关系紧张；补给不及时，制度不健全；手续混乱，差错不断；监护力量弱，物资器材损失严重；部分主管克扣勒索，指挥不利。因此，设法改善兵站业务是郭忏到任之后的首要解决问题。经过反复调查研究，郭忏于一九四七年六月正式实行兵站业务的改进办法，对前述积弊都有针对性的加以改革，取得了一定成效。接着郭忏又对健全联勤教育机构、完善后勤军官教育制度、加强联勤人事管理，以及对于联勤部队的分期调整、裁减员额等制度都有所改革。
一九四八年一月一日，政府酬其辛劳，特晋授一等宝鼎勋章。当陈诚前往东北指挥军事后，郭忏为扭转东北战局，又将工作重点全部转向东北，以保障东北**各部的补给供应。一九四九年一月，国防部根据形势需要，命令联勤总部在上海、重庆、台湾设立指挥所，分别由副总司令张秉钧、何世礼、张知行兼任指挥所主任，而郭忏奉命在南京留守。
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