东北军区的部队进入苏联远东地区以后，加速了日军以及统治系统的崩溃，隶属于原满洲国的警察和其他地方武装，纷纷反正投靠中国新政府。在我军主力部队到达之前，已将大部分的基层统治机构中的倭国和朝鲜人驱逐，全部由中国人控制了政权。也有少数地区，由于当地的倭国人做恶多端，遭到中国人的报复，制造了一些小型血案。也有少数不良之徒，乘机抢夺财物和霸占倭国妇女，甚至以自卫为名私自建立武装，妄图充当乱世英雄。但是，很快地遭到政府军和易帜军的打击，非法武装组织被强行解散，有个别不识时务的顽抗者，遭到了毁灭性地打击。
1943年9月20日，原满洲国军第201师团的部队，攻占了乌达河西岸的乌兰乌德，沿着乌达河一路横扫前进。
9月23日在贝加尔斯克同西北军区的傅作义部，将一个联队的日军和两个战车大队，另有一个炮兵大队合围。经过两小时短暂的激战，已是强弩之末的日军不支宣布投降，西北军区的部队同已经隶属于东北军区的，原满洲国军第201师团的部队在贝加尔斯克会师。
西北军区的董其武19军，会同傅作义21军一部，沿着伊尔库特河南岸一路攻击前进，占领了图兰、克廖恩，最后抵达伊尔库斯克西南18公里的舍利霍夫。这里是西伯利亚通向外贝加尔，和远东南部地区以及蒙古和中国的门户，通往勒拿河流域的枢纽。沿途遇到苏军一些不太强烈的抵抗，在我军强有力的打击下很快瓦解。苏军外贝加尔方面军战役总指挥部，司令员扎哈罗夫派出联络人员同我军接洽，在我军表明意图之后，双方协商划定了临时停战界限，等待双方政府谈判解决。
在贝加尔湖战场东线，原满洲国军第201、204、205三个师团，将两个朝鲜师团就地缴械后，把俘虏和物资交给政府军处理。然后在东北军区的空军、炮兵、装甲兵部队的配合下，顺利地渡过了希洛克河与乌达河，东北军区的两个军的兵力紧随其后，对贝加尔湖以东的地区，进行十分细致的清理。苏军的俘虏集中到乌兰乌德，一旦战事结束便可以通过陆路和水路遣返。
日军俘虏比较麻烦，需要经过西伯利亚大铁路运送到海参崴，再经海上船运回国。倭国政府同中国政府协商后，在海参崴建立了接受俘虏的办事机构，大批被解除武装的日军从这里登船。同时还有大批的倭国侨民，知道在苏联远东地区再也混不下去了，都纷纷收拾启程回国。一时间港口人满为患，熙熙攘攘到处都是倭国人，除了荷枪实弹的中国士兵，几乎成了倭国人的天下。
由于通讯畅通发达，整个战俘运送和遣返工作忙而不乱，倭国政府的办事机构人员，甚至可以在中方的陪同下，直接同正在运送途中的日军高级军官通话。中国新政府外交部向倭国政府递交了具体遣返程序，成建制的日军优先遣返，要求日军高级指挥机构同中国军队合作，严格约束日军士兵，以避免在遣返时发生不愉快的事件，尤其是避免发生流血事件。
中国人民解放军总参谋部在给东北军区的命令中说：”授予东北军区全权处理在战俘遣返中，处理一切突发事件的权利，可以根据实际情况需要采取任何有力手段，事后再上报国防部和总参谋部。”
东北军区根据命令的精神，制定了具体的条例，要求日军严格遵守。只要日军服从我军的调动和管理，我军绝对保证日军人身安全，如有肇事者将严惩不贷。
东北军区的部队没有难为日军，在铁路沿途提供饮食饮水，对日军伤员还提供治疗药品，当然所有花费都得记在倭国政府的账上。除了半强制性地留下一批各行各业的技术人员，活着的日军都通过海参崴回国，同不久将在缅甸和越南同我军作战的日军战俘相比，就是天堂和地狱的差别。
因为毕竟这次日军不是同我军直接作战，我军渔翁得利占了一个大便宜，战士们多少也产生一些恻隐之心。做人做事也得分啥形势，不能做得太绝太黑，只要日军老老实实地听摆弄，一般不会无故为难日军士兵。由于倭国政府和日军很配合，日军战俘的遣返十分顺利，不到二十天的工夫，所有倭国战俘全部遣返完毕。接着中国政府将要同倭国政府讨论战争赔偿，以及战俘遣返的花费问题。
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