南京总参谋部以刘剑锋总参谋长、lb副总参谋长、左权副总参谋长三人，组成直接指挥整个战役的战略指挥部。以南方军区苑永贤司令员为总指挥，海陆空各军兵种组成南线前线联合指挥部，统一协调指挥空中、海上及登陆作战。
海军作为这次战役的主力，应将美国太平洋舰队可能对我军这次战役，产生的影响因素要考虑充分。在海军原来提交的作战计划中，重点针对的只是倭国海军，因此需要进一步地完善。
华北军区至少抽调四个精锐师，参加收复琉球战役的登陆作战，并且作为占领军长期驻扎在琉球群岛。要求立即展开相应的登陆作战训练，以及相关的地理、风土、政策等方面的教育，保证我军对琉球的顺利控制。
南方军区也抽调四个精锐师和一个陆军航空兵团，其中两个师及陆航团同华北军区的部队，组成登陆作战攻击集群，另外两个师作为预备队进驻台湾。
东北军区的所属各部，驻库页岛、海参崴的海空军，以及驻朝鲜釜山、仁川海空军基地，同东北军区组成北线前指，统一调动和指挥海陆空力量。在倭国北面的千岛群岛，及北海道一带展开两栖登陆作战，抢占具有战略意义的，牵制倭国海军的力量，配合南面的主攻方向的作战。如果日军敢于全力阻止我军，随时对倭国的下关、长崎、九州、北海道等地发动攻击。
其他方面的细节问题，请参阅预备作战命令副本，各部按照任务要求做好部队的动员、调动及后勤保障，充分做好一切战前准备，战役预定发起的时间为1944年4月。
听到何应钦副部长发布的预备命令后，在座的所有的将军都抓耳挠腮交头接耳，大部分都是难以掩饰内心的激动，少数人为没有摊上任务而有些不平。例如西南军区司令员崔跃进，和远东军区司令员lbc等人。
国防部部长zd坐在mzd总统的旁边，也抑制不住内心的激动，看到会议的秩序有点乱，面带慈祥的笑容敲着桌子说道：”静一静，静一静！吵个啥子嘛！收复个琉球群岛就把你们兴奋成这个样子，要是将来平定欧洲大战，你们还不得全抽风吗！看看谁还有补充意见赶紧摆上来，不要在底下开小会嘛！”
啥！将来还要参加欧洲大战？底下更乱了，个别人干脆就是手舞足蹈了，万般无奈的zd部长，狠拍了两下桌子才静下来。
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