天启三年年初，时任福建总兵的徐一鸣在厦门会见了荷兰指挥官莱尔森，双方“充分交换了意见，但并未就冲突问题达成一致”。
随后，双方决定由明朝一方派遣使者前往巴达维亚，会见荷兰东印度公司总督。
当年五月，福建官府的使者在巴达维亚与荷兰东印度公司总督进行了会商，在这次会谈中，双方达成一致，即明王朝恢复对荷兰出口，但荷兰人必须让出澎湖列岛。
然而在会谈期间，荷兰人仍然在不断捕捉中国商民修筑风柜城要塞。
据荷兰人自己的记载，在明荷谈判期间，荷兰舰队先后捕捉大明百姓1150人，其中因水土不服和劳累过度的原因死亡了半数，余下571人被荷兰人掠往巴达维亚，但因为路途艰难，半路死去473人，仅98人抵达，而这最后的98人中，又有65人先后因为食物中毒而丧生，最终仅有33人免于死亡。
荷兰人如此行径，自然让明王朝难以忍受，于是天启三年出任福建巡抚的南居益便启用俞咨皋为副将，辅助徐一鸣专剿荷兰人，双方的战事由此重开。
天启三年九月，明廷因为徐一鸣征剿荷兰人不利，罢免了他福建总兵的职务，以谢弘仪取代之，谢弘仪不想落得徐一鸣一样的下场，便开始更加积极主动的展开对荷兰舰队的进攻。
当年十月二十八日，谢弘仪用计焚毁荷兰人夹板船两艘；但谢弘仪很快发现，若不能夺回澎湖，荷兰人还会源源不断的出现在大明沿海，因此天启四年元月，福建明军集中兵力，于澎湖岛上的镇海港登陆，围攻荷军建设的风柜城要塞。
荷兰人当然也知道风柜城要塞的重要性，便为要塞配属了29门大炮并调集13艘大小船只予以护卫。
为了制衡荷军舰船，明军都司顾思忠所部舰队于正月底驰援增援澎湖，从而有效的扼制了荷军船队的行动范围，有力的支持了澎湖岛上的战斗；但由于荷军果断的退守风柜城要塞，因此人数众多的明军并未能第一时间消灭对手，从而被对手拖入了更加艰难的要塞攻防战之中。
由于累攻不下，南居益便于天启四年四月亲率亲率漳、泉州两地明军增援澎湖。
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