何可纲的态度，得到了部分祖大寿部将领的认同，因此祖大寿决定绝不投降，继续坚持最后五分钟，等待转机的到来。
可问题是现在大凌河城中的老百姓差不多被吃光了，实在无法坚持到明军新一轮援军的抵达，甚至也不知道以辽镇兵马的尿性，会不会有援军开来----祖部因为上次被假冒援军的后金军坑了，所以，对于之前后金军迎战张春部的隆隆炮声，下意识的以为是后金军故技重施，并不以为是真的援军到了----所以，在军事会议上刚刚言辞凿凿的表明自己绝不投降，转过身来，祖大寿就和后金方面派来的谈判使者热切交流，并派出了部将韩栋前往后金营地与阿巴海直接面唔，以敲定投降条件。
经过一番紧锣密鼓的私下勾连后，十月二十八日，祖大寿在杀害了坚决不同意投降的何可纲后，正式向围城的后金军投降，后金军随即进城点检，发现除了一万一千多士兵和三十二匹将领坐骑外，所有随行民夫都被祖大寿部啖食殆尽了······
人骨上的嚼食痕迹连后金军普通士兵看了都要恶心呕吐，但后金高层对这支食人军队的投降却大为欢欣，因此，祖大寿以下的张存礼、祖可法、刘天禄等七十多名前明军将领都受到了极高的礼遇，甚至当祖大寿声称自己愿意替后金军回锦州诈城，阿巴海都表示了同意。
阿巴海难道不知道祖大寿回锦州后一定会受到明廷的监视，所谓诈城根本是不可能的吗？
当然不是，阿巴海看的更深，他知道祖大寿丢了身边一万多子弟兵，回到明军中后，必然如脱了毛的凤凰一般失去了原有的影响力，但辽镇将门是一个枝器连生的团体，明廷不用祖大寿，依旧得用其他辽镇将门，因此，他释放祖大寿固然可惜，但换取辽镇兵马更加萎靡不振，却是大赚了，所以，阿巴海毫不犹豫的同意了祖大寿的要求，纵放了祖大寿回锦州----后来有人，说什么后金权贵不学无术，打仗依靠《三国演义》，大约就是从阿巴海释放祖大寿回锦州，与小说上七擒孟获类似而演绎出来的。
事实上，阿巴海没有判断出错，明廷对祖大寿自述的“成功”突围将信将疑，所以一面加官进爵以按祖大寿之心，一面却又再三想要把祖大寿调回关内，因此，祖大寿此后相当长一段时间内即不投降后金，也不愿回北京陛见，实质上已经形同割据的独立势力了----虽然之后辽镇兵马依旧与后金之间有小打小闹，但这些战斗的目的更像是向明廷骗取经费。
按下祖大寿不说，大凌河之败后，孙承宗在崇祯皇帝的眼里已经是无用的老朽了，再加上明廷中对宁锦防线的质疑声再度高涨起来，孙承宗也就不得不以老病为由，向明廷提出了辞呈，对此，崇祯皇帝毫不犹豫的答应了，孙承宗就此彻底离开了大明的政治舞台。
大凌河之败，不单单是送走了老迈的孙承宗，而且还断送了那些只有嘴炮的东林党人重新掌控明廷大政方针的最后机会，至此东林党成为了明廷中的边缘势力，至少东林党依旧不放弃染指朝政的机会，所以日后便有出现了所谓“周温之争”······
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