由于岛原前线的军需浩大，所以宽永十五年的四月下旬，九州诸侯先后向各自领内下达了今年夏季年贡的征收数字----换算下来，基本上都是七公三民，少部分甚至是八公二民----因此立刻引发了各藩百姓的强烈不满，进而这些已经被逼到绝路的九州百姓便在岛原起义军派出的宣传、鼓动人员的带领下组织起来，举行了大规模抗税的聚会。
当年五月初三日，肥后阿苏郡的抗税百姓与前来镇压的代官手下发生武装冲突；
五月初五日，肥后玉名郡抗税百姓与本地代官武装发生激战；
五月初六日，久留米藩百姓攻占代官官邸，驱逐代官，声明乡村自治；同日、唐津藩也爆发了有11个村子农民组织的大规模的抗税活动。
而就在这个九州农民大起义即将爆发的时刻，因为迟迟不能攻克原城，剿灭岛原-天草起义军，幕府讨伐军总指挥官松平信纲被幕府免职了。
虽说接手幕府讨伐军总指挥官一职的小滨藩藩主、幕府首席老中酒井忠胜是一个手腕极其高明的政客，但问题是，他人还在江户，还没有抵达九州。
所以，一时间，总兵力超过14万人的幕府讨伐军对于蜂起的农民抗税运动居然没有任何的主张，只能眼睁睁的看着势态逐步恶化，甚至还连累了各藩士气暴跌，无法维持对原城一线岛原-天草起义军的进攻。
时间来到当年的五月十五日，九州北部和九州中部的抗税活动相互呼应、愈演愈烈，终于引发了后来称为“宽永大动乱”的九州百姓大起义，将幕府讨伐军的后方搅得一团糟糕。
五月十六日，已经抵达门司港的酒井忠胜手忙脚乱的下达了抽调部分幕府讨伐军回藩各自镇压九州百姓大起义的决定，但幕府讨伐军返回各藩是需要时间的，因此，酒井忠胜又下达了四国、西国各藩进入警备状态，随时准备出兵增援九州的命令。
对于酒井忠胜的命令，四国和西国各藩阳奉阴违----这些诸侯已经探明了九州一揆的原因是因为横征暴敛，所以都生怕因为动员而激起自家领内的民乱----还提出来眼下青黄不接，军粮无法保证的理由来搪塞酒井忠胜。
只是农民一揆军的战斗力实在太弱了，因此当幕府讨伐军把主力抽调回来加以镇压时，根本不是幕府讨伐军的对手，进而在十来天里，各地一揆都次第被镇压了下去，只有极少数的暴动农民依托山区还在坚持。
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