早在洪武十五年春，明廷就在云南设置都指挥使司、云南布政使司，建立起统理云南的军政机构。地方置卫、所，辟筑驿道，形成一套统辖系统。以后分云南为五十二府，六十三州，五十四县，民政系统亦趋完备。
沐英治理云南，大抓屯田，解决粮食问题。洪武十九年（1386）九月，他上疏朱元璋，说“云南地广，宜置屯田，令军士开耕，以备储蓄”。朱元璋同意了沐英建议。沐英令军士且戍且屯，既解决吃粮又稳固驻守，一举兼得。沐英还招携省外人来滇屯田，朱元璋命外省军人到云南屯田，一时云南屯田大兴，粮食收获大有增加。沐英还以屯田的增减考察官吏的政绩，赏罚官员。主滇九年，屯田总数百万余亩，促进了云南的农业发展。
沐英还组织民工疏浚河道，扩广滇池，兴修水利；招商人入滇，运进米谷帛盐，发展商业。开发盐井，增加财源，是沐英治滇的重要内容。他还整修道路，保护粮运，使云南农商都有发展。
沐英增设府、州、县学达几十所，择选民间优秀及土官子弟入学，月赐饮膳，年赐衣服。他本人“居常读书不释卷，暇则延诸儒生讲说经史”。
在沐英统治时期，云南相当安定。
洪武二十二年（1389）冬，沐英入朝，朱元璋赐宴奉天殿（皇帝办公的正殿），给予厚重赏赐。朱元璋高兴地说：“使我高枕无南顾忧者，汝英也。”
洪武二十五年（1392）六月，沐英病卒于云南，年仅四十八。朱元璋十分痛心，命归葬京师，追封黔宁王，谥昭靖，侑享太庙。
沐英去世后，他的子孙世镇云南。长子沐春十七岁随沐英征西，以后又征云南，材武有父风，积功授后军都督府佥事。沐英死后，袭父职，镇守云南。修屯政，辟田三十余万亩，凿铁池河，灌溉宜良涸田数万亩，使五千余户民有生业，文治武功都效法其父，惜年仅三十六而卒。
沐春无子，其弟沐晟（沐英次子）继其位。沐晟性格似其父，喜读书，凝重寡言笑，得到朱元璋喜爱，历官后军左都督，永乐年间征南，论功封黔国公，正统四年（1439）死于出征回师途中，赠定远王，沐晟承其父兄业，久镇云南，名声远扬，沐氏在云南威权日重。
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