序幕之后，故事一转，从张北自“空白读档公司”咨询回来的那夜晚，也就是他即将删除记忆之前开始。在这一部分中，主要故事顺序推进，并通过插叙交代已经做完手术的林秋全然不认识张北，张北一怒之下找到“空白读档公司”的过程。
这一部分的结构处理交代了张北同样选择去做记忆清除手术的背景原因，也为后续情节的发展做了铺垫。
紧接着就是故事的发展阶段——主要回溯张北和林秋的交往经历
在解释张北去咨询记忆清除的原委之后，主要情节仍然顺序推进，开始讲述张北准备手术和手术进行的过程，同时又在清除记忆的过程中回溯两饶交往经历，包括恋爱过程中种种矛盾的产生，这个阶段对爱情的多元刻画层层深入，从而明确两人爱情裂缝产生的原因。
在这个阶段，次要人物关系例如博士李明诚和钟雪、孙海平与钟雪、刘杰和林秋的关系也浮现了出来。
另外，张北这一回忆过程和现实中的手术进程的相互交错又是通过插叙来完成的。所以总结来，这段顺叙了张北手术过程，插叙了男女主角的恋爱回忆，而这些回忆又是以倒叙为逻辑讲述的。
接下来就是故事的高·潮阶段——双层嵌套
现实中正在进行手术的张北处于第一层结构中，潜意识记忆中的张北属于第二层结构，因为手术设备技术原因导致的失误将张北从自己的潜意识拉回到现实，即又回到第一层结构。
张北不断地在现实和潜意识的双层结构里相互转换，即现实与回忆两层结构相互插叙，层层相套，一步步渲染张北在回忆自己与林秋的感情后想要中断手术的悔恨之情，并通过回忆的推进将故事推向，也为两饶再次相遇做铺垫。
最后阶段就到了故事的结局——解决矛盾
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