当陆续有超能力者因为神秘原因失去意识之后，有关幻想御手的事情就开始逐渐暴露，并且出现在了“风纪委员”的桌面上。
风纪委员(jdnt)是维持学园都市治安的机构，其职责是护学校系统内的和平与秩序，也有地域的美化活动，必要时的交通管理等。
由于都市内大部分人都是学生，风纪委员的任务是抓住那些滥用其能力的不法分子或其它罪犯，以及保护学生。当遇到风纪委员不能处理的情况时，他们的上级、城市的治安部队以及警备员将会接管。
风纪委员更像是兼职的平民，巡逻人员都佩戴印有绿色盾牌的臂章做为标识。
并不是超能力较高的人才能成为风纪委员，基本上，如果有在风纪委员工作中有擅长利用的能力，也有机会成为风纪委员。
而有关幻想御手的事情，被认为是一起利用超能力者的犯罪活动。
不过，随着被波及到的学生的数量不断增加，范围不断扩大，这件事已经被移交给了警备队。
此时，有关幻想御手事件的嫌疑目标已经被确定——学园都市的大脑生理学专家，专攻领域是大脑生理学和a扩散力场，隶属于a解析研究所的——木山春生。
随着调查，有关幻想御手的真相也被逐渐解析。
幻想御手其实是连接许多a力场（超能力者在无意识之间向全方位释放出的微弱力量形成的力场）形成的网络叠加能力。其真实面目是通过使用人类大脑作为演算器的程序。
为了解救所有被波及的学生，此时正在展开一场针对木山春生的追捕。
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