顾长风归降后，明廷水军投降了。
这一战，雪千寻所率领的日月神教水军完胜，战损微乎其微，而明廷水军也被打服了，投降之后都老老实实呆着，听候发落。
而接下来整编明廷水军的事情，林飞也不打算理会了，全权交给了顾长风处理。
顾长风见此，深受感动，他本以为自己要跟明廷水军告别，但没想到林飞竟然如此信任他，还继续让他统率这一支前明的力量。
于是乎，顾长风接下来便大刀阔斧进行改变明廷水军，清点兵员，砍掉空饷，发钱遣散所有老弱病残以及不愿意继续打仗的兵士，只保留一些精锐。
一番裁减之后，原本在编一万人的明廷水军队伍，活生生被顾长风裁减成两千人。
另外，那田启云看到明廷大势已去，自己又没什么本事，便弃甲归田，回乡下当农夫去了。
自然，顾长风重整水军之时，曾向林飞请示新军之名。
林飞不假思索便给出了“黑旗军”一名，并嘱咐道“将来你带的这支新军，不仅仅要在水上能打，而且在岸上也能打，将来以黑旗为你们的旗帜，让天下都传播你们的威名。”
得到了林飞的训示，顾长风更是深受感动，接下来愈加用心去训练黑旗军。
而林飞在明廷水军营寨住了一晚，大概参观了一番明廷水军营寨过去打造的各种玩乐设施，随后便率领着日月神教水军离去。
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