经过了半年的征战，广东、福建两省基本光复，战事也趋于平缓。在去年，郑氏集团除了这两处之外，尚且经营着南直隶的战场，那里先有定西侯张名振、兵部侍郎张煌言所部的明军先后于永历八年的正月和三月进入长江，突破江防，打击沿江清军，同时接应可能会如约而至的西南明军主力。
两次之后，饶是在崇明屯田，军中粮草亦是不足。为此，张名振先是到温州购粮，随后又南下中左所与郑成功会面，请援。而为了支援张名振和张煌言在南直隶的作战，郑成功派出了忠靖伯陈辉率领五千水师、一万陆师北上，借助于这支生力军的战力来继续扩大战果。
九月初六，大军抵近上海县城城下，城内百姓“有执梃而阻遏官府者，有包戴网巾者，有讹言惑众者，有恐喝官府者”，几如累卵之势。若非江宁巡抚周国佐火速领兵来援，以屠城相威胁，否则这座县城便会就此易手也是极有可能发生的事情。
没能拿下上海县城，明军却也没有就此返回。舰队北上崇明，于九月二十六举行祭江大典，准备进入长江，一时声势颇盛。
但是，随着舰队的开拔，陈辉所部那边，由陈辉的旗舰升起了大纛。这是主帅的身份象征，陈辉此举，是俨然以主帅自居。为此，张名振要求陈辉降下大纛，陈辉则执意不肯，两人话不投机，舰队遂于濠头分裂，陈辉就此率所部南下。
这一遭，陈辉并没有直接返回福建，而是在浙江海域游荡，逗留于温州、台州、宁波三府沿海。而张名振那边，到了腊月，也就是江门之战前夕，突然率领舰队自崇明出发，进入长江。此次比前两次又深入了一步，舰队于腊月十八直抵南京城外的燕子矶，气势恢宏的南京城和巍峨耸立的钟山，近在咫尺！
“横江楼橹自雄飞，霜仗云麾尽国威。
夹岸火轮排叠阵，中流铁锁斗重围。
战余落日鲛人窟，春到长风燕子矶。
指点兴亡倍感慨，当年此地是王畿。”
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