后经不断扩建，院落规模宏大，占地达千余亩，殿堂楼阁、台舍房宇达三十余座。
清朝咸丰年间毁于战火，同治年间重修，1958年改为尼众道场，1983年起依明清时规模形制复建，并逐步对外开放。
1992年新白娘子剧组因当时杭城雷峰塔已倒而新的尚未建好，来到金陵鸡鸣寺借用药师佛塔来拍雷峰塔相关场景。
这是一座真正的千年古刹，历经千年战火而不倒的寺庙，何凡不由得怀着虔诚的态度往寺庙走去。
鸡鸣寺山门位于鸡鸣寺路左侧石级上，山门正中书写“古鸡鸣寺’四个金字，步入山门，左为施食台（志公台）。
施食台前为弥勒殿，其上为大雄宝殿和观音楼，殿内供奉着两尊释迦牟尼和观音镏金铜坐像，并新塑了观音应身像三十二尊，供奉于殿内。
大雄宝殿之东为凭虚阁遗址，西为塔院。塔院内全部采用青石磨光雕花工艺，青石铺设地面，药师佛塔为1990年重新建造。
观音楼左侧为豁蒙楼，楼甚轩敞，豁蒙楼东面即为景阳楼，楼上有对联一副云“鸡笼山下，帝子台城，振起景阳楼故址；玄武湖边，胭脂古井，依然同泰寺旧观。”
这副对联包含着关于鸡笼山、台城、玄武湖、同泰寺和胭脂古井等遗迹的故事。
这两座名楼为供人凭栏远眺之处，今已分别辟为茶座和素餐馆，一面临窗。
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