党人与皇帝的矛盾并非突然出现，而是酝酿已久。
严格来说，从董仲舒改造儒学，使儒学登上政治舞台的那一刻起，儒学与皇权之间就有着天然的冲突。孝武帝看似推崇儒术，实则用的还是法术，不过是用儒术修饰而已。到了孝宣帝，更是明言汉家自有法度，霸道、王道兼用，不可能纯任儒术。
儒门当然不肯罢休，不断反抗，最后的结果就是王莽篡汉。
王莽败亡了，儒门却没有完全败。
光武复兴，鉴于儒门影响之大，实际上继承了不少王莽的政策，儒门的影响力进一步扩大。在前朝时势大的地方豪强渐渐服膺儒学，成了儒化的士族，其中的精英则成了世家。
汝南袁氏、弘农杨氏就是其中的代表。
细数本朝的世家、大族，大多都有儒学传承，已经不是纯粹的豪强。
儒门影响越来越大，必然会引起皇权的警惕。本朝前期，外戚掌权。儒门锲而不舍，潜移默化，用了将近一百年的时间，将原本是军功勋贵的外戚变成了具有儒学素养的外戚，儒门与外戚渐有合流之势。
窦武就是儒门寄予厚望的大将军，而马融则成为外戚中的一代儒宗。
但孝桓帝重用宦官打断了这一趋势，将儒门循序渐进的希望砸得粉碎。渐进温和的方式难以实施，儒门也渐渐失去了耐心，越发偏激，最终随着窦武、陈蕃被杀，矛盾激化，引发第二次党锢。
至此，儒门中激进的那一部分被称为党人，与皇帝走向了彻底对立。
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